До 40 лет будущий святитель жил в миру, был женат, имел сына и служил приходским священником в с. Сидоровском, расположенном недалеко от г. Шуи. Уже в это время он зарекомендовал себя добрым пастырем, нежным и заботливым отцом.
В 1663 г., овдовев, ушел сначала в Николо-Шартомский монастырь, а затем в Золотниковскую Успенскую пустынь Суздальского уезда, где и принял монашеский постриг. Обитель, принявшая подвижника, была очень бедной, но он полюбил ее на всю жизнь и даже хотел быть в ней погребенным.
Однако богоугодная жизнь Митрофана не могла быть скрыта от окружающих. Братия Яхромского Космина монастыря в июне 1655 г. избрала его своим игуменом. Почти 10 лет управлял он названным монастырем, насаждая среди братии дух благочестия, ревнуя и о внешнем благоукрашении святой обители.
В 1675 г. Митрофан был переведен игуменом Макариева Желтоводского монастыря, что на р. Унже, Костромской епархии, которым управлял почти семь лет. Здесь он построил теплый храм в честь Благовещения Пресвятой Богородицы и украсил его церковной утварью и иконами. Освящена новая церковь в 1680 г.
Благочестивая и подвижническая жизнь игумена Митрофана выдвинула его на пост архипастырского служения.
На Соборе 1681-1682 гг. для борьбы с усилившимся расколом была учреждена новая кафедра - Воронежская, куда первым архиереем был избран Митрофан. 2 апреля 1682 г. хиротонисан во епископа Воронежского. Хиротонию совершили патр. Иоаким с 16 святителями. После хиротонии святитель несколько месяцев жил в Москве, устраивая дела новой епархии. За период жизни в Москве ему пришлось участвовать в погребении скончавшегося царя Феодора Алексеевича и венчании на царство юных государей Иоанна и Петра.
В конце августа 1682 г. свят. Митрофан прибыл в Воронеж. Трудный путь предстояло пройти ему в этой епархии. Население края было разнородным. Пользуясь тем, что край был удален от центра гражданской и духовной власти, сюда стекались люди со всех концов России, искавшие воли или скрывавшиеся от наказаний. Духовенство было почти сплошь неграмотным, но и такого духовенства все равно не хватало - некоторые церкви из-за отсутствия пастырей были закрыты. Монастыри также находились в запущенном состоянии. Монахи больше подчинялись мирским лицам - благотворителям монастырей, чем власти архипастырской. Такая обстановка способствовала распространению и укреплению раскола в епархии. Раскольники чувствовали себя вольготно в Воронежском крае, привлекая на свою сторону население, они или уводили его в раскол или отвлекали от хождения в церковь.
В течение двадцати лет трудился святитель на Воронежской кафедре. Главная забота его заключалась в Пастырском попечении о спасении душ вверенного ему Господом словесного стада св. Митрофан явился истинным пастырем, со страхом Божиим совершавшим свое служение, с любовью и милосердием вспахивал он ниву сердец человеческих, чтобы посеять на них спасительные семена слова Божия.
Любимою и постоянною мыслью святителя была мысль о смерти. "Память смертная" как верный страж охраняла сердце святителя от привязанности к временному и тленному, вселяла в него надежду вечного. Этою же постоянною мыслью о смерти объясняется и трогательная черта в жизни святителя - его заботливость о поминовении всех умерших безвестною и горькою смертью, скончавшихся на войне и в бедности, без покаяния и не имевших возможности на свое поминовение.
В августе 1703 г. святитель Митрофан заболел и, чувствуя, что болезнь его смертельная, начал готовиться к кончине. Он несколько раз принял таинство елеосвящения, усилил свои заботы о нуждающихся, посылал щедрую милостыню в тюрьмы, помогал ссыльным и иноземцам, прощал оброки.
10 августа 1703 г. он принял пострижение в схиму с наречением имени Макарий.
Скончался 23 ноября 1703 г. Погребен в Благовещенском кафедральном соборе на 12-й день после кончины. На погребении святителя присутствовал царь Петр. По окончании отпевания сам царь нес гроб святителя и опускал его в могилу. Своим приближенным он сказал: "Не осталось у меня такого святого старца".
За несколько лет до кончины свят. Митрофан составил духовное завещание, в котором дает пастырские наставления для всех христиан: "Употреби труд, храни мерность - богат будеши. Воздержно пий, мало яждь - здрав будеши. Твори благо, бегай злаго - спасен будеши".
Во время ремонта Благовещенского кафедрального собора мощи святителя дважды переносили (в 1718 и 1735 гг.). В каждый раз было засвидетельствовано нетление тела св. Митрофана. С этого времени началось благоговейное почитание св. Митрофана и увеличились чудесные явления помощи Божией у его могилы.
В 1832 г. были открыты мощи святителя и через 128 лет после кончины он был причислен к лику святых.
Память святителя - 7 августа, 4 сентября и 23 ноября в Соборах Владимирских, Воронежских, Ивановских, Костромских и Липецких святых.
